嫁接是保护地黄瓜获得高产高效的首要保障。其道理：一是可以解决黄瓜连作造成的枯萎病死棵问题；二是可以增强植株的抗寒能力；三是可使黄瓜根系发达，大幅度提高黄瓜的产量。随着以黑子南瓜为砧木的嫁接黄瓜拟茎点霉根腐病的发生和市场对黄瓜品质要求的不断提高，利用白子南瓜作砧木嫁接黄瓜成为必然趋势。
在生产中，有的菜农在黄瓜嫁接后同时保留了南瓜根和黄瓜根，他们认为两条根并存吸收营养充分，更利于黄瓜生长。这种做法其实偏离了黄瓜嫁接栽培的目的。首先，黄瓜嫁接后不割断黄瓜根或嫁接苗定植时栽植过深导致黄瓜茎接触地面而生根，从而引发枯萎病，是嫁接黄瓜死棵的主要原因之一。其次，嫁接苗生育前期，叶片少，且光合产物需分配给双根，导致南瓜根和黄瓜根都得不到足够的营养供应，也就不能形成发达的根系，这样不仅不利于营养的吸收，相反还会降低植株抗病、抗逆的能力。第三，用白子南瓜作砧木进行嫁接，是利用白子南瓜去蜡粉能力强的特点来增强黄瓜瓜条的亮度。但若留双根，势必降低砧木去蜡粉的能力，使瓜条亮度变差，从而也就失去了用白子南瓜进行嫁接的一大优势。
黄瓜嫁接后7天，当嫁接伤口完全愈合、嫁接苗基本成活时，就要进行断根处理。在断根的前一天，最好把黄瓜接口下的胚茎捏一下，破坏其维管束，其好处是可缩短断根后缓苗的时间。第二天在距离地表2~3厘米处割断黄瓜根。
