许多蔬菜的病害是通过种子传播的，其中多数病原菌寄生在种子的表面，带病的种子播种后，病原菌遇到适宜的环境条件，就会很快地大量繁殖而危害蔬菜。在播种前进行种子消毒的目的是消灭病原菌及虫卵等，可起到减少蔬菜苗期病害的作用。种子消毒的方法较多，常用的方法有以下5种。
温汤浸种 温汤浸种所用水温为55℃左右，用水量是种子体积的五六倍。先用常温水浸15分钟，后转入55℃～60℃热水中浸种，要不断搅拌，并保持该水温10分钟～15分钟，然后让水温降至30℃，继续浸种。不同的蔬菜种子其浸泡的时间是不同的，如辣椒种子浸种五六个小时，茄子种子浸种六七个小时，番茄种子浸种四五个小时，黄瓜种子浸种三四个小时，最后洗干净种子。用温汤浸种最好结合药液浸种，杀菌效果更好。
热水烫种 此法一般用于难于吸水的种子，水温为70℃～75℃，甚至更高一些，如冬瓜种子有时可用100℃沸水烫种。但对于种皮薄的喜凉蔬菜，如白菜、莴苣等，不宜采用此法。其方法是：水量不宜超过种子量的5倍，种子要经过充分干燥。烫种时要用2个容器，将热水来回倾倒，最初几次动作要快而猛，使热气散发并提供氧气。一直倾倒至水温降到55℃时，再改为不断的搅动，并保持这样的温度七八分钟。以后的步骤同常规的浸种法。
药液浸种 药液浸种是将要处理的种子浸到一定浓度的药液中，经过5分钟～10分钟的处理，然后取出洗净晾干的一种种子消毒方法。浸种时先将种子用水浸泡二三个小时，然后用清水冲洗干净。浸种的药液必须是溶液或乳浊液，不能用悬浮液。药液的用量一般超过种子量的1倍，应将种子全部浸没在药液中。种子消毒常用的药剂有1％高锰酸钾、10％磷酸三钠、1％硫酸铜、福尔马林100倍液、抗菌剂401和抗菌剂402等。
药粉拌种 对于用干种子进行播种的蔬菜种子，可将药剂与种子混合均匀，使药剂粘附在种子的表面，然后再播种。药剂的用量一般为种子重量的0.2％～0.3％。注意药剂与种子都必须是干燥的。由于药剂用量少不易拌匀，故可加入适量的中性石膏粉、滑石粉或干细土，先将药剂分散，再将种子与之混合，使药剂均匀地附着在种皮上。常用的药剂有：40％五氯硝基苯、70％敌克松、50％多菌灵、40％拌种双、25％甲霜灵、恶霉灵（用恶霉灵拌种不能将种子密闭于容器中）等。
干热处理 干热处理是将干种子放在75℃以上的高温下处理。这种方法可钝化病毒，是一种防止病毒病传播的有效方法。适用于较耐热的蔬菜种子，如瓜类和茄果类蔬菜种子等。在70℃的高温下处理2天，可使黄瓜绿斑花叶病毒完全丧失活力而死亡。干热处理还可提高种子的活力。但在进行干热处理时要注意的是，接受处理的种子必须是干燥的（一般含水量低于4％），并且处理时间要严格控制，否则热量会透过种皮而杀死胚芽，使种子丧失发芽能力。
另外，对带有种衣剂的种子还需再作种子消毒处理。一般来讲，用种衣剂处理过的种子已带有一定量的农药，为了保护药剂，不宜再对种子进行消毒处理。但由于播种前通常要对种子做浸种和催芽处理，在处理过程中，不可避免地要用水，水会洗掉种子上的绝大多数药剂，从而降低种衣剂的保护作用。因此，带有种衣剂的种子在做浸种和催芽处理时，仍有必要进行种子消毒处理。
