微生物发酵饲料的作用机理：
1、竞争性抑制：包括营养和定殖位点（阻止有害微生物在肠粘膜附着与繁殖）的竞争。
2、改善肠道PH值，抑制其它病原性生物的生长。
3、抑菌作用，肠道内形成酸性环境，起到杀菌作用；产生溶菌酶抑制病原菌的生长。
4、补充营养成分。直接饲用生物发酵饲料中的有益菌在肠道内代谢可产生多种消化酶、氨基酸、维生素 。
5、提高机体免疫功能。微生物发酵饲料中的有益菌是良好的免疫激活剂，它们能刺激肠道免疫器官生长，激发机体发生体液免疫和细胞免疫。
竞争性抑制：
包括营养和定殖位点（阻止有害微生物在肠粘膜附着与繁殖）的竞争。健康畜禽肠道内生长着各种各样的微生物群落，各种微生物群落之间相互依存、相互制约，构成畜禽肠道内微生态平衡状态，建立一个正常且平衡良好的肠道微生物区系对抵御病原性微生物感染具有十分重要的作用。
由于微生物之间存在着相互作用，某一生态系统中现存的微生物会阻止新的有机体在这一部位的入侵，如嗜酸乳杆菌对猪肠道上皮的亲附能力非常强，从而减少大肠杆菌与肠道上皮结合的机会。因此对那些菌群形成迟缓或有障碍的幼小动物服用
现代孵化方法养殖的小鸡因没有接触过成年的鸡，不能象农庄圈养的鸡那样迅速地建立起肠道菌群，给小鸡接种适当的肠道微生物，帮它们建立起自己的肠道菌群，就能提高其对沙门氏菌的抗性，而对于成年动物，由于许多微生物只能在肠道内存活相当一段时间，因此必须饲喂有大量益生菌的饲料才能保持某一微生物在肠道内的定殖。
在某些情况下，如应激、疾病，以及长期使用广谱抗菌药等，都可造成肠道内微生态平衡的破坏。而饲喂微生物饲料，有益的微生物到达消化道后，在消化道内迅速繁殖，在数量上便占绝对优势，加上它们生长代谢造成厌氧环境，就大大抑制了那些需氧性致病菌原生长繁殖。微生物制剂有着十分重要的意义。
改善肠道环境：
通过产生有机酸如乳酸和乙酸使消化道内pH值降低，抑制其它病原性生物生长，从而保持或恢复肠道内微生物群落的平衡，达到防病促生长的目的。
抑菌作用：
许多乳酸菌和链球菌可以产生细菌素，如乳酸链球菌肽等，这些多肽类物质能抑制沙门氏菌、志贺氏菌、绿脓杆菌和大肠杆菌的生长。
在某些条件下，有些乳酸菌可以产生少量的过氧化氢，过氧化氢可以抑制许多细菌的生长，尤其是革兰氏阴性病原菌。
由于大肠内的乳酸过氧化氢酶一硫氨酸盐反应系统被激活的结果，其反应产物可以抑制细菌的生长，也可以形成酸性环境，从而起到杀菌的作用。另外有些有益微生物可以产生溶菌酶，从而抑制病原菌的生长 。
补充营养成分、防止有害物质：
直接饲用微生物制剂中的有益菌在肠道内代谢可产生多种消化酶、氨基酸、维生素（K、C、B1、B2、泛酸、烟酸、生物素、肌醇和叶酸等）以及其它一些代谢产物作为营养物质被畜禽机体吸收利用，从而促进畜禽的生长发育和增重。
由于直接饲用微生物能促进营养物质的消化吸收，因而可减少氨和其它腐败物质的产生。研究表明：饲喂发酵饲料可以减少内容物、粪便、门静脉中的氨含量以及肠内容中的对甲酚、吲哚、3一甲基吲哚等腐败物质的含量，缓解粪便臭味，净化畜禽环境。此外，直接饲用生物发酵饲料有益菌在肠道内能生长形成致密性膜菌群，形成生物屏幕，防止有害物质和废物的吸收。
提高免疫功能：
微生物发酵饲料中的有益菌具良好的免疫激活功能，它们能刺激肠道免疫器官生长，激发机体发生体液免疫和细胞免疫。直接饲用微生物发酵饲料可以提高畜禽抗体水平或提高巨噬细胞的活性，增强免疫功能，及时杀灭侵入体内致病菌，从而防止疾病的发生。
