上世纪90年代末，我国陆续从日本和台湾地区引进食用菌工厂化生产流水线，使食用菌生产技术得到了突飞猛进的发展，在炎热的夏季也能品尝到美味营养的金针菇、蟹味菇和杏鲍菇等新鲜产品。上海地区现已投产的金针菇规模化企业有3家，蟹味菇1家，2005年底新增3家，预计金针菇日产量将达到50t，蟹味菇5t，杏鲍菇1.5t，成为全国最大的工厂化食用菌生产基地。
食用菌工厂化栽培的病虫害发生可直接导致产量和品质的下降，但是杀菌剂和杀虫剂的使用，除了对人体健康有危害外，对食用菌的生长也有负面影响，农药的使用也很难完全控制病虫害的发生。现介绍食用菌工厂化生产过程中病虫害发生以及对环境和人员的控制，降低或消除病虫害的发生，稳定产量，提高商品性状。重病害的发生和防治
食用菌工厂化生产主要原料为木屑、玉米芯、米糠、麸皮等，这些原料也非常适合霉菌和细菌生长，其生长速度比食用菌菌丝的生长速度要快。特别在完全封闭的培养和栽培环境中，创造了食用菌生长的最佳温度和湿度条件，在这样的环境中，也有利于许多有害微生物生长。所以在整个生产过程中加强卫生管理，降低有害微生物的发生是至关重要的。
1.1 操作者的卫生管理 厂房内感染有害微生物最主要原因是操作者在生产过程中带入，有害微生物和黏附在螨虫上的杂菌通过服装带进生产区域。在进入操作区域必需更换清洁的衣服和鞋子，对手指进行消毒处理，减少微生物的传播途径。
1.2 生产环境的卫生管理 培养基和残菇体是有害微生物的繁殖源，厂区内定期清扫，清除所有的培养基和残菇体。每批次栽培结束后，对地面、墙壁和床架冲洗干净，并用紫外线、臭氧发生器或杀菌剂进行消毒。进风口是杂菌孢子进入的主要通道，加强厂区周围环境卫生，原材料仓库、生活区、挖瓶区和生产区保持一定距离，并保持清洁卫生，特别是挖瓶区的废料要及时运出厂外。
1.3 原料混和 调整适当的含水量。原料中水分过多，菌丝生长缓慢，细菌污染的可能性就增大，并且导致催蕾和子实体生长期间瓶口料面和菇体的细菌感染。
1.4 灭菌和冷却 灭菌锅的型号、容积、放置数量的不同，灭菌效果也有差异。设置适宜灭菌程序，以彻底杀灭培养料中所有的微生物。高压灭菌锅灭菌完成排气结束后，外部空气必须回流到锅内；保持内外压力平衡，在回流口上必须安装高效空气过滤装置，防治杂菌进人锅体。冷却过程中，冷却室内空气回流到瓶内，室内空气必须经过净化处理，并尽量减少空气的流动。
1.5 接种 衣服、手指、接种器具必须经过消毒处理，接种室保持充分的洁净，接种机放置在层流罩的下方。使用的菌种必须经过严格挑选，要求菌丝活力强、无任何污染。
1.6 培养 在培养初期特别容易引起杂菌污染，对培养室定期检查，发现有污染的瓶及时挑出。培养房空气流动大，杂菌孢子传播的速度也加快，螨虫、老鼠也是杂菌携带者，应及时驱除。高温、高湿的培养环境，有利于各种杂菌的繁殖，必须进行有效的控制。
1.7 子实体生长 食用菌催蕾和生长需要较高的湿度，一般在90%以上，长时间处于高湿环境中，瓶口表面培养料或菇体表面聚集大量水滴，导致细菌大量繁殖引起菇体腐烂。发现有细菌污染的瓶应及时挑出，有效控制温度、湿度，抑制杂菌繁殖。
2 虫害的发生和控制
食用菌工厂化生产过程中控制杂菌污染比虫害更为重要。但是虫害在早期未能发现和有效控制，也能导致毁灭性损失。在进排风口安装网罩阻止昆虫或小动物的进入，光对昆虫有引诱作用，晚间室内的光尽量避免泄漏到室外，厂区内的培养料和菇体要清扫干净，采收结束后，对空房间消毒处理。
工厂化生产危害最严重的是螨害，在米糠、麸皮等营养物上繁殖很快，厂区周围草丛、木屑堆场也大量存在。培养周期长的真姬菇上螨虫发生尤为严重，菌种带螨是引起螨虫大爆发的主要原因，可导致大量污染，转色困难，出菇整齐度差，产量低下。发现螨虫应及早隔离并用杀螨剂处理，控制人员流动，保持个人卫生和服装清洁，阻止螨虫传播。
