食用菌的虫害主要有菇蚊、菇蝇、跳虫、螨类及线虫等，其综合防治措施如下。
保持菇场清洁
菇房在栽培前要彻底清扫干净，并用800倍的敌百虫或敌敌畏溶液均匀喷一遍。室外种菇，要清除栽培场地周围的杂草，并用250倍的敌百虫溶液喷洒土壤和场地周围。
防成虫入室
室内栽培食用菌，要将门窗、通风孔等用60目的细纱网钉上，防止菇蝇、菇蚊等成虫入室危害。
诱杀成虫
菇蝇、菇蚊等成虫具有趋光性，可设置黑光灯 或日光灯，在灯周围挂上黏板或灯下放置敌敌畏溶液药盆，让成虫触药中毒。
药物熏杀
室内栽培食用菌，在密闭的条件下，每立方米空间用2～3片磷化铝熏蒸，以消灭室内虫源。
处理培养料
每50公斤培养料用三氯杀螨醇15毫升，对水10公斤，均匀喷洒在料上，边喷药边拌料，喷后堆积3天，既可消灭料中虫源，或可在培养料中拌入40%的辛硫磷500倍液或2.5%的敌杀死1000倍液，均有很好的杀虫效果。
喷药杀虫
在出菇前发现有害虫时，可向床面喷洒500倍的敌百虫溶液或1000倍的敌杀死溶液或800倍的敌敌畏溶液灭虫。
