食用菌种是指人工培养的食用菌纯菌丝体，通常分为母种、原种和栽培种。母种是通过严格筛选，确认为生产上有价值的纯菌丝体。母种用试管斜面培养基培养，又称试管种或一级种。母种再扩繁转移到木屑或谷料培养基上所得到的菌种，称为原种或二级种，培养容器多用罐头瓶或菌种瓶。由原种再扩繁的菌种称栽培种或三级种，可直接用于生产栽培。
一、母种制法
1.配制母种斜面培养基。最常用的是PDA培养基，配制方法是：取无病害的马铃薯数个，洗净去皮，切成薄片，称取200克，加水1000毫升煮沸，煮至马铃薯酥而不化为度，所得液用6层纱布过滤，滤液用清水补足至1000毫升，再加琼脂及葡萄糖各20克，继续加热至溶化，趁热分装至试管中，每管8毫升左右。试管用180×10毫米规格的，用前刷洗干净。分装完后塞上棉塞；每10支捆成一束，竖放在小铁丝笼中，用高压或土蒸锅灭菌，然后趁热摆成斜面，待培养基凝固即可用于接种。
2.组织分离法制母种。选择生长健壮、外形整齐、朵大肉厚、无病虫害、具有该品种特征的子实体，于七八分成熟时采下，作为分离材料。切去菇柄，用75%酒精棉球擦拭菇体表面，移至接种箱。接种箱事先用甲醛熏蒸。将子实体材料再用酒精棉擦一遍，从菌盖处纵向撕开，用消毒刀片或小镊子从菌盖和菌杯交接处取材料，切取麦粒大小的组织即可，用接种针移至试管斜面培养基中间，每管移入1块。接种过程中试管口始终在酒精灯火焰上方，接种针也要在火焰上烧红并在试管口待冷后，再取接种材料。每次可接种数十管，然后送至恒温箱中或培养室中培养。温度保持23～26℃，空气相对湿度保持70%左右。经过3天培养就看到组织块四周长出白色绒毛状菌丝，约一周即可长满试管。如斜面培养基上出现绿、红、黄、黑、乳白色的菌落，即是被杂菌污染，应及时淘汰。对长满斜面的菌种进行严格挑选，选择生长快、菌丝浓白粗壮的再转管1次即得母种。
3.母种转管培养。转管在接种箱中进行，接种箱内事先放入斜面培养基若干，接种箱常规消毒。操作人员洗净双手，穿白大褂、戴白帽子，掩住头发，用75%酒精棉擦手和试管壁。左手拿母种试管和培养基试管，右手拿接种针在酒精灯火焰上面打开试管棉塞，将接种针和试管口同时在火焰上烧灼一下，试管口始终不离火焰旁。将烧过的接种针在管口壁待冷，然后用针尖切取长满菌丝的培养基约麦粒大小一小块，迅速从管口取出，接入培养基斜面中间，再将试管口在火焰上烧一下，迅速塞好棉塞，再接下一管。全部接种完，送恒温箱或培养室。
二、原种制法
1.原种培养基配制。配方：阔叶树木屑78%、麦麸20%、蔗糖和石膏粉各1%，pH值6.5，含水60%。也有用玉米粒或麦粒制原种培养基的，但成本高。根据生产数量，按配方比例称料，充分混合，使含水适宜，即用手攥料指间有水珠但不滴下为度，然后装瓶，装至瓶肩部为止，用手指粗木棒在中央打一圆洞，以增加通气性，瓶口用聚丙烯薄膜扎好，及时灭菌，高压或土蒸锅均可。
2.接种和培养。接种室及接种箱常规消毒。将灭菌的原种培养基罐头瓶或菌种瓶拿人接种箱，每次可拿人200瓶，再用甲醛熏蒸一次。操作者严格执行无菌操作。将母种试管用酒精棉擦拭外壁，拿人接种箱，在火焰上打开棉塞，右手拿接种铲或大镊子，并在火焰上烧红待冷，再从母种管内挑出豆粒大小一块菌丝（附带有培养基），打开原种培养基瓶薄膜，将母种菌丝迅速放入原种培养基中央，使菌丝面紧贴瓶内培养基料面，立即盖好薄膜，再依次接下一瓶。1支母种可接15～20瓶原种。接种完的菌种瓶，及时贴上标签，注明食用菌品种、级别（几级种）、接种日期、接种人等。及时送培养室培养。温度保持在23～26℃，空气相对湿度保持70%左右。室内要遮光或微弱的散射光即可。培养30天左右菌丝长满瓶即可用于扩繁栽培种。如暂时不用，要放在干燥、低温、避光条件下短期贮存。
三、栽培种制法
栽培种是直接用于生产栽培的菌种，和原种的制法基本相同。1瓶原种可扩繁栽培种约100余瓶。培养基同原种，经灭菌后，在接种箱中接种，在酒精灯火焰控制下，由原种瓶内取出指甲大小一块菌丝体，放入栽培种培养基中央，盖好薄膜，再接下一瓶，全部接完后送培养室上架培养。避光培养30天待菌丝长满瓶后即可用于栽培。
