目前，蔬菜农药残留问题比较严重。其造成的主要原因：一是大量化肥的施用，使蔬菜中产生硝酸盐、重金属等有害物质，同时造成土壤板结、地力枯褐，使病虫害日趋严重；二是农药的连年施用使土壤中有严重农药残留，病原菌的抗药性也随之加强。土壤中的病原菌日积月累越来越多，造成土传病虫害泛滥。所以农药用量越来越大、毒性越来越超高，农药残留也越来越严重。
而使用生物肥料是解决农药残留问题一种最可行的、治标又治本的有效方法，它既有很好的肥效，又能减少农产品中由于大量使用化肥造成的硝酸盐、重金属等有害残留，抑制和杀死病原菌和害虫，并对土壤进行彻底消毒，消除了病原菌害虫传播的一条途径，是生产无公害农产品的最佳措施。只有很好地消除土壤环境中的病原菌，才能从根本上减少病虫害，少用农药或不用农药，从而彻底消除农药残留。
另外生物肥料特别是生物有机肥料一是高效、长效、无污染，对人、畜、作物无害残留；二是改良土壤，促进团粒结构的形成，对沙化地和盐碱地的改造有良好效果；三是节省能源、保持环境。
