治疗加强管理及时挑选病鸭，隔离饲养，彻底清扫鸭舍，及时更换垫料，保持舍内清洁、卫生、通风、干燥。
严格消毒用具、饮水器及料槽用2%苛性钠溶液刷洗，再用清水冲洗晾干后使用。鸭舍用百毒杀和过氧乙酸交替使用，以喷雾法消毒。定期带鸭消毒，环境消毒每周一次。
药物治疗用肠复宁(硫酸安普霉素)按100克对水200公斤上午集中一次饮水，用肠安康(主要成分地克珠利和阿莫西林)按120克对水200公斤下午集中一次饮水，连用4天。水溶性鱼肝油每袋500克对水200公斤，多维电解质每袋对水300公斤，连用5天。晚上用肾宝每袋拌料200公斤，连用4天，消除肾肿。
经上述处理后，种鸭群第三天精神状况明显好转，死亡减少，采食量开始上升，第五天鸭群基本恢复正常。此时用排毒增蛋散给鸭群拌料，连用7天，促使产蛋尽快回升。
小结鸭坏死性肠炎是由魏氏梭菌引起的一种传染病，病原为A型或C型的产气荚膜梭菌，均能产生A毒素，C型还可产生B毒素，引起特征性的坏死性肠炎。魏氏梭菌是健康鸭群肠道内的寄居者，广泛存在于自然环境中，在粪便、土壤、污染的饲料和垫料或肠内容物中均可分离到该菌，传播途径以消化道为主，一般情况下，梭菌通常不致病，除非存在一些协同因素，如突然更改日粮成分，严重应激，肠黏膜因细菌、球虫、蠕虫或长时间、超剂量使用抗生素等原因而引起损伤。因此应加强平时的预防工作，不要随便更换饲料，有必要换料时，要有计划地过渡；避免在全价日粮中额外添加鱼粉、小麦、大豆、动物油脂等高能量或高蛋白原料，以防止饲料营养不平衡造成对肠道的刺激；有计划、正确地使用抗生素，防止过量使用抗生素导致肠道菌群紊乱；进行定期驱除蠕虫工作，减少肠道黏膜受损；在气温多变、高温潮湿的夏秋季节一定要严格控制小肠球虫病的发生。
