1 黑木耳 正常管理30天左右，耳片已充分展开，达到生理成熟，即要采收。采收时要将一个菌袋上的所有木耳一次性全部采下，将根部清理干净，摊放于架起的沙网或草帘上晾晒至干。第一茬采收后气温如还在20℃左右，按第一次的管理方法管理，可望采收第二茬。
2 灵芝 灵芝子实体生长初为白色，后变为黄色，经过2～3个月就为紫色、褐色或红色。当菌盖边缘不再生长（边缘无淡黄色圈)，菌盖下端子实层内长出棕红色孢子时，子实体己成熟，即可采收。采收前应注意收集子实体放出的孢子，以便生产孢子粉。采收时手捏菌柄，轻轻拧下，然后剪去菌柄下端带有培养基的部分，及时烘干或晒干。
3 猴头菌
3.1 采收 当猴头菌子实体长满刺毛，开始弹射孢子时，要及时采收，过迟会使子实体有苦味。采收时，用弯形利刀从柄基割下，菌脚不宜留得过长，太长易于感染杂菌，而且也影响第二茬猴头菌的生长。但也不能损伤菌脚，一般留菌脚1厘米左右为宜。
3.2 加工 采收猴头菌，可以鲜销，也可晒干、烘干或盐渍贮存。
3.2.1 晒干 将采收的鲜猴头菌，切去菌蒂部分，排放于竹帘上，置烈日下暴晒，先将切面朝上晒一天后，再翻转过来晾晒至干。
3.2.2 烘干 将采收的鲜猴头菌，风干1～2天后，按大小分别烘烤。烘烤温度从40℃渐提高到60℃，直至烘干。干品含水量为10～13%，并要求保持菌刺完整，待冷却及时分装于塑料袋密封储藏。
3.2.3 盐渍 将采收的新鲜猴头菌，切去有苦味的菌柄，用清水漂洗，除去灰尘，放入0.1%柠檬酸水中煮沸10分钟，捞出再放入清水中冷却。淋水后，加入25%的精盐，层层加盐，储于池中或包装桶中，7天时倒入池或桶中一次性加足饱和盐水（即每50公斤水17.5公斤盐，熬开后冷却为饱和盐水），并用1～2厘米厚盐封口即可。
