种类：微生物肥料的种类很多，按其作用机理可以分为根瘤菌肥料、固氮菌类肥料、解磷菌类肥料、解钾菌类肥料。其中根瘤菌肥料又可分为慢生根瘤菌和快生根瘤菌; 固氮菌类肥料又可分固氮根瘤菌和根际联合固氮菌; 解磷菌类肥料有有机磷细菌和无机磷细菌。按其制品内含可以分为单纯的微生物肥料和复合（或混合）微生物肥料。按其形态可分为固态和液态两类。
作用机理：
1、增进土壤肥力 施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源；解磷、解钾微生物肥料，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物，改善作物的营养条件。
2、制造和协助农作物吸收营养 根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空气中的氮素。微生物在繁殖中能产生大量的植物生长激素，刺激和调节作物生长，使植株生长健壮，促进对营养元素的吸收。
3、增强植物抗病和抗旱能力 微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，抑制或减少了病原微生物的繁殖机会；抗病原微生物的作用，减轻作物的病害；微生物大量生长，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
施用技术：
1、拌种：先将种子表面用水喷潮湿，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀粘满菌肥即可播种。
2、育秧：床式或盘式育苗时，可将菌肥拌入育苗土中堆置3天后，再做成苗床或装入育苗盘；营养钵育苗时，先将菌肥均匀拌入营养土中，再做成营养钵。
3、穴施：先将菌肥与湿润的细土拌均匀，施在移栽或插秧的穴内，然后移栽幼苗或插秧覆土。
4、蘸根：将菌肥加一些细土，加适量的水拌成泥浆，将移栽秧或扦插苗在泥浆中浸数分钟，然后带浆移栽秧苗或扦插。
5、追施：将菌肥配成菌肥水溶液，浇灌在作物行间或果树周围的浅沟内，浇完后即覆土。
6、喷施：有些液体菌肥，可作叶面肥施用，方法是加水100倍后充分混匀，喷洒在叶片的正反面即可。
应用时的注意事项：
1、选用质量合格的微生物肥料。 质量低下、杂菌含量高或过期的产品不能施用。
2、施用时要尽量减少微生物的死亡。 菌肥要避免阳光直射，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。菌肥不可与有害农药、化肥混合施用。
3、创造适宜的土壤环境。 酸性土壤应中和土壤酸度。土壤过分干燥时，应及时灌浇，大雨后要及时排除田间积水，应改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。应针对性地补施微生物必须的矿质营养。
4、因地制宜推广应用微生物肥料 根瘤菌肥料增产效果明显，可在豆科作物上广泛应用。对其他微生物肥料，应探索不同菌肥的效应，施用量、施用方法逐步推广。
