有机动物养殖成为饲料基地种植或放牧场所的有机管理手段之一，有机动物为作物除草和灭虫，如稻田养鸭、稻蟹共作、果林养鸡等。养殖规模往往会受到饲料供应能力的限制，养殖者不应为了追求利益最大化，而一味扩大养殖规模，必须以饲料供应能力确定规模。
有机标准鼓励养殖场使用本养殖场有机饲料基地和本地区有机农场生产的饲料。
第一在饲料生产中更具有可控性，保证饲料的质量、质量和品种，降低饲料的生产成本（运输成本等）；
第二可以减少长距离运输环节，降低有机饲料生产能耗，更符合有机农业的理念；
第三养殖场产生的粪便、垫料等废弃物有足够的土地可以消纳。
对于在不可预知的情况下出现的饲料短缺问题，可以使用常规饲料，但是必须经过认证机构许可且比例符合标准规定。养殖者常常误认为常规饲料可以无条件使用，而忽视许可条款，在理念上与有机养殖背道而驰。
有机产品标准从动物天性出发，对于日粮中精粗饲料比例进行详细的规定，特别是对草食动物，杂食动物虽然无具体要求，但也必须每天饲喂粗饲料、青干草或青贮饲料。这可能会降低动物的生产性能。如果条件允许的话，养殖者可以采取放牧的模式，有效解决粗饲料来源的问题，同时在放牧中也能有效补充矿物质和微量元素。
对于饲料添加剂，养殖者往往认为不能添加任何饲料添加剂，这是一种误解。虽然很多饲料添加剂均在有机产品标准禁止使用范围，但天然来源的矿物质和维生素（来源于动物的添加剂必须符合有机产品标准）允许使用。欧盟和加拿大标准规定在无法获得天然来源维生素和矿物质或天然来源维生素和矿物质无法满足动物自身需求的情况下允许使用常规来源的维生素和矿物质。中国有机产品标准在修改后，也进行了维生素和矿物质来源的限制。
